Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Khi DArtagnan đến Tokyo để tìm kiếm niềm vui, cô phát hiện một cảnh tượng khó quên: Lucifer đang hát dưới công viên. Từ giây phút đó, dù cô ấy đang ngủ hay thức, trái tim của DArtagnan sẽ không ngừng đập vì một lý do nào đó.
Người mẫu nam Hazama Masayoshi có ước mơ trở thành một siêu anh hùng, mặc dù cậu không có siêu năng lực, cũng không có công cụ công nghệ cao hỗ trợ. Cậu lấy tên Samurai Flamenco và bắt đầu hành nghề trừ gian diệt ác, làm việc tốt bảo vệ công lí, nhân danh Sứ giả của Chính nghĩa. Masayoshi và anh cảnh sát Gotou Hidenori tình cờ gặp nhau trong một tình huống tréo ngoe, để rồi từ đó anh cảnh sát bị vướng vào vô số rắc rối. Hai con người trẻ tuổi phải đối diện với những thử thách gay do khi đi tìm
Khi bậc thầy sát thủ Usui Yuen dò xét một loạt các vụ ám sát được thực hiện đối với đại gia tộc samurai, Satsuma, anh đã gặp Kurima Raizo, thành viên và là người còn sống sót sau một trong những cuộc tấn công.
Reki, một nam sinh cao trung năm hai yêu thích lướt ván và bị cuốn vào “S”, một cuộc đua trượt ván ngầm và nguy hiểm ở một khu mỏ bỏ hoang không có luật lệ. Ranga, người trở về Nhật Bản từ Canada và chưa bao giờ lướt ván trước đây cũng đã bị cuốn vào cuộc chơi “S” cùng với Reki.